(* Generated by JWS Online *)

(* This is an experimental feature of JWS Online. Please report any mistakes.*)

(* Note that the following notable SBML entities or features are not supported in notebook outputyet: *)
    (* Events *)
    (* Constraints *)
    (* Units and UnitDefinitions *)
    (* AlgebraicRules *)
    (* conversionFactors *)

variables = {
ADP[t], ATP[t], AZGLN[t], AZGLU[t], GLN[t], GLU[t], GS[t], GSAMP[t], PII[t], PIIUMP[t], PIIUMP2[t], PIIUMP3[t]
};

initialValues = {
ADP[0] == 2.685, ATP[0] == 2.685, AZGLN[0] == 1.0, AZGLU[0] == 1.0, GLN[0] == 1.0, GLU[0] == 1.0, GS[0] == 0.014, GSAMP[0] == 0.0, PII[0] == 0.003, PIIUMP[0] == 0.0, PIIUMP2[0] == 0.0, PIIUMP3[0] == 0.0
};

rates = {
v\[LetterSpace]1, v\[LetterSpace]10, v\[LetterSpace]11, v\[LetterSpace]12, v\[LetterSpace]13, v\[LetterSpace]14, v\[LetterSpace]15, v\[LetterSpace]16, v\[LetterSpace]2, v\[LetterSpace]3, v\[LetterSpace]4, v\[LetterSpace]5, v\[LetterSpace]6, v\[LetterSpace]7, v\[LetterSpace]8, v\[LetterSpace]9
};

rateEquations = {
v\[LetterSpace]1 -> (kcatut*UT*UTP*PII[t])/(Kutipii*Kututp*(1 + GLN[t]/Kglnut)*(1 + UTP/Kututp + (PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t])/Kutipii + (UTP*(PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t]))/(Kutipii*Kututp) + (PPi*UTP*(PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t]))/(Kutipii*Kutippi*Kututp) + (Kutpii*(PIIUMP[t] + PIIUMP2[t] + PIIUMP3[t]))/(Kutipii*Kutpiiump))), v\[LetterSpace]10 -> (KG*NADPH*Vgog*GLN[t])/(Kgoggln*Kgogkg*Kgognadph*(1 + NADP/Kgognadp + NADPH/Kgognadph)*(1 + AZGLU[t]/Kgogaz)*(1 + KG/Kgogkg + GLU[t]/Kgogglu)*(1 + GLN[t]/Kgoggln + GLU[t]/Kgogglu)), v\[LetterSpace]11 -> (aamp*camp*Vgs*(-((PI*ADP[t]*GLN[t])/Keq) + NH*ATP[t]*GLU[t]))/(Kgsatp*Kgsglu*Kgsnh*(1 + PI/Kgspi + ADP[t]/Kgsadp + (PI*ADP[t])/(Kgsadp*Kgspi) + ATP[t]/Kgsatp)*(1 + NH/Kgsnh + GLN[t]/Kgsgln + (NH*GLN[t])/(Kgsgln*Kgsnh) + GLU[t]/Kgsglu + (NH*GLU[t])/(Kgsglu*Kgsnh))*(1 + 12^n1amp*(GSAMP[t]/(bamp*GStot))^n1amp)*(1 + 12^n2amp*(GSAMP[t]/(damp*GStot))^n2amp)), v\[LetterSpace]12 -> (Vgludem*(-(AZGLU[t]/Kgludemeq) + GLU[t]))/(Kgludemglu*(1 + AZGLU[t]/Kgludemazglu + GLU[t]/Kgludemglu)), v\[LetterSpace]13 -> (Vazgludem*(-(azinter/Kazgludemeq) + AZGLU[t]))/(Kazgludemazglu*(1 + azinter/Kazgludemazinter + AZGLU[t]/Kazgludemazglu)), v\[LetterSpace]14 -> (Vglndem*(-(AZGLN[t]/Kglndemeq) + GLN[t]))/(Kglndemgln*(1 + AZGLN[t]/Kglndemazgln + GLN[t]/Kglndemgln)), v\[LetterSpace]15 -> (Vazglndem*(-(azinter/Kazglndemeq) + AZGLN[t]))/(Kazglndemazgln*(1 + azinter/Kazglndemazinter + AZGLN[t]/Kazglndemazgln)), v\[LetterSpace]16 -> (Vadp*ADP[t])/(Kadp + ADP[t]), v\[LetterSpace]2 -> (kcatur*UR*PIIUMP[t])/(Kurpiiump*(1 + Kglnur/GLN[t])*(1 + ((1 + UMP/Kurump)*(PIIUMP[t] + PIIUMP2[t] + PIIUMP3[t]))/Kurpiiump)), v\[LetterSpace]3 -> (kcatut*UT*UTP*PIIUMP[t])/(Kutipii*Kututp*(1 + GLN[t]/Kglnut)*(1 + UTP/Kututp + (PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t])/Kutipii + (UTP*(PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t]))/(Kutipii*Kututp) + (PPi*UTP*(PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t]))/(Kutipii*Kutippi*Kututp) + (Kutpii*(PIIUMP[t] + PIIUMP2[t] + PIIUMP3[t]))/(Kutipii*Kutpiiump))), v\[LetterSpace]4 -> (kcatur*UR*PIIUMP2[t])/(Kurpiiump*(1 + Kglnur/GLN[t])*(1 + ((1 + UMP/Kurump)*(PIIUMP[t] + PIIUMP2[t] + PIIUMP3[t]))/Kurpiiump)), v\[LetterSpace]5 -> (kcatut*UT*UTP*PIIUMP2[t])/(Kutipii*Kututp*(1 + GLN[t]/Kglnut)*(1 + UTP/Kututp + (PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t])/Kutipii + (UTP*(PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t]))/(Kutipii*Kututp) + (PPi*UTP*(PII[t] + PIIUMP[t] + PIIUMP2[t]))/(Kutipii*Kutippi*Kututp) + (Kutpii*(PIIUMP[t] + PIIUMP2[t] + PIIUMP3[t]))/(Kutipii*Kutpiiump))), v\[LetterSpace]6 -> (kcatur*UR*PIIUMP3[t])/(Kurpiiump*(1 + Kglnur/GLN[t])*(1 + ((1 + UMP/Kurump)*(PIIUMP[t] + PIIUMP2[t] + PIIUMP3[t]))/Kurpiiump)), v\[LetterSpace]7 -> (Vad*GS[t]*((b1*GLN[t])/Kadgln + (3*a1*KG*PII[t])/(Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*c1*KG*GLN[t]*PII[t])/(Kadgln*Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3)))))/((Kadgs + GS[t])*(1 + GLN[t]/Kadgln + (3*KG*PII[t])/(Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*KG*GLN[t]*PII[t])/(d1*Kadgln*Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))))), v\[LetterSpace]8 -> (Vdead*GSAMP[t]*((f1*GLN[t])/Kdeadgln + (3*e1*KG*PII[t])/(Kd1*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*h1*KG*GLN[t]*PII[t])/(Kd1*Kdeadgln*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (g1*KG^3*PIIUMP3[t])/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (j1*KG^3*GLN[t]*PIIUMP3[t])/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (3*i1*KG^4*PII[t]*PIIUMP3[t])/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (3*k1*KG^4*GLN[t]*PII[t]*PIIUMP3[t])/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump)))))/((Kdeadgsa + GSAMP[t])*(1 + GLN[t]/Kdeadgln + (3*KG*PII[t])/(Kd1*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*KG*GLN[t]*PII[t])/(Kd1*Kdeadgln*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))*l1) + (KG^3*PIIUMP3[t])/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (KG^3*GLN[t]*PIIUMP3[t])/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))*n1) + (3*KG^4*PII[t]*PIIUMP3[t])/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))*m1) + (3*KG^4*GLN[t]*PII[t]*PIIUMP3[t])/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG^2)/(Kd1*Kd2) + KG^3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG^2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG^3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))*o1))), v\[LetterSpace]9 -> (Vgdh*(KG*NADPH*NH - (NADP*GLU[t])/Keqgdh))/(Kgdhkg*Kgdhnadph*Kgdhnh*(1 + NADP/Kgdhnadp + NADPH/Kgdhnadph)*(1 + NH/Kgdhnh)*(1 + KG/Kgdhkg + GLU[t]/Kgdhglu))
};

parameters = {
ATPtot -> 5.37, GStot -> 0.014, Kadgln -> 0.9714, Kadgs -> 0.001703, Kadp -> 0.5, Kadpiikg -> 1.052*^-05, Kazglndemazgln -> 1.0, Kazglndemazinter -> 0.5, Kazglndemeq -> 10000000000.0, Kazgludemazglu -> 0.3, Kazgludemazinter -> 0.5, Kazgludemeq -> 10000000000.0, Kd1 -> 0.005, Kd1piiump -> 0.025, Kd2 -> 0.15, Kd2piiump -> 0.15, Kd3 -> 0.15, Kd3piiump -> 0.15, Kdeadgln -> 0.04444, Kdeadgsa -> 0.0002015, Kdeadpiikg -> 2.274*^-06, Kdeadpiiu -> 1.805*^-05, Keq -> 460.0, Keqgdh -> 1290.0, Kgdhazglu -> 2.5, Kgdhglu -> 10.0, Kgdhkg -> 0.32, Kgdhnadp -> 0.042, Kgdhnadph -> 0.04, Kgdhnh -> 1.1, Kglndemazgln -> 0.25, Kglndemeq -> 10000000000.0, Kglndemgln -> 2.0, Kglnur -> 0.07, Kglnut -> 0.07, Kgludemazglu -> 0.5, Kgludemeq -> 10000000000.0, Kgludemglu -> 8.0, Kgogaz -> 0.65, Kgoggln -> 0.175, Kgogglu -> 11.0, Kgogkg -> 0.007, Kgognadp -> 0.0037, Kgognadph -> 0.0015, Kgsadp -> 0.0585, Kgsatp -> 0.35, Kgseq -> 460.0, Kgsgln -> 5.65, Kgsglu -> 4.1, Kgsnh -> 0.1, Kgspi -> 3.7, Kurpiiump -> 0.0023, Kurump -> 8.4, Kutipii -> 0.0018, Kutippi -> 0.1135, Kutpii -> 0.003, Kutpiiump -> 0.0035, Kututp -> 0.04, PI -> 10.0, PIItot -> 0.003, UR -> 0.0006, UT -> 0.0006, Vad -> 0.5, Vadp -> 100.0, Vazglndem -> 20.0, Vazgludem -> 30.0, Vdead -> 0.5, Vgdh -> 360.0, Vglndem -> 70.0, Vgludem -> 120.0, Vgog -> 85.0, Vgs -> 600.0, a1 -> 1*^-22, aamp -> 10.0, azinter -> 0.1, b1 -> 0.5166, bamp -> 2.3667, c1 -> 0.5974, camp -> 0.1012, d1 -> 0.0387, damp -> 10.8688, e1 -> 1*^-22, f1 -> 2.766, g1 -> 3.323, h1 -> 0.2148, i1 -> 1*^-22, j1 -> 1*^-22, k1 -> 1*^-22, kcatur -> 5.5, kcatut -> 137.0, l1 -> 0.02316, m1 -> 0.8821, n1 -> 8.491, n1amp -> 1.1456, n2amp -> 19.2166, o1 -> 0.8791, AZgln -> 1.0, AZglu -> 1.0, KG -> 0.2, NADP -> 0.05, NADPH -> 0.15, NH -> 0.05, PPi -> 0.05, UMP -> 0.01, UTP -> 0.5, default\[LetterSpace]compartment -> 1.0
};

assignments = {

};

events = {

};

speciesAnnotations = {

};

reactionAnnotations = {

};

units = {
{"time" -> "", "metabolite" -> "", "extent" -> ""}
};

(* Time evolution *)
odes = {
ADP'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]11 -1.0*v\[LetterSpace]16, ATP'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]16 -1.0*v\[LetterSpace]11, AZGLN'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]14 -1.0*v\[LetterSpace]15, AZGLU'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]12 -1.0*v\[LetterSpace]13, GLN'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]11 -1.0*v\[LetterSpace]10 -1.0*v\[LetterSpace]14, GLU'[t] == 2.0*v\[LetterSpace]10 +1.0*v\[LetterSpace]9 -1.0*v\[LetterSpace]12 -1.0*v\[LetterSpace]11, GS'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]8 -1.0*v\[LetterSpace]7, GSAMP'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]7 -1.0*v\[LetterSpace]8, PII'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]2 -1.0*v\[LetterSpace]1, PIIUMP'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]1 +1.0*v\[LetterSpace]4 -1.0*v\[LetterSpace]2 -1.0*v\[LetterSpace]3, PIIUMP2'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]3 +1.0*v\[LetterSpace]6 -1.0*v\[LetterSpace]5 -1.0*v\[LetterSpace]4, PIIUMP3'[t] == 1.0*v\[LetterSpace]5 -1.0*v\[LetterSpace]6
};
timeCourse = NDSolve[Join[odes, initialValues]//.rateEquations//.assignments//.parameters, variables, {t, 0, 100}];

(* Steady-state solution initialized with result of time evolution *)
findRootEquations = odes /.D[_[t],t]->0;
findRootVariables = Partition[Flatten[{#, #/.timeCourse/.t->100} &/@variables],2];
steadyStateVariables = FindRoot[findRootEquations//.rateEquations//.assignments//.parameters, findRootVariables, MaxIterations->100]
fluxes = #//.assignments//.parameters/.steadyStateVariables&/@rateEquations

(* Plot the time evolution of the variables *)
plotTable=Table[Plot[variables[[i]]/.parameters/.timeCourse,{t,0,100},PlotLegends->variables[[i]],PlotRange->Full],{i,Length[variables]}]